<p>O leão Alex, a zebra Marty, a girafa Melman, a hipopótamo Glória, os pinguins, o lémure Maurício e o rei Juliano continuam juntos nesta nova aventura. Mas também continuam perdidos... nas margens distantes de Madagáscar. Mas os amigos náufragos nova-iorquinos resolvem tentar regressar ao seu antigo lar e para isso engendram um plano louco. Com um espírito militar, os pinguins consertam o que resta de um velho avião que se despenhou em Madagáscar. A improvável tripulação consegue levantar voo, mas será que o avião se vai aguentar no ar até Nova Iorque? Claro que não. A única coisa que conseguem é ir parar ao local mais selvagem de todos, ao coração de África, onde os antigos habitantes do zoológico de Central Park conhecem pela primeira vez animais da sua espécie que vivem no seu habitat natural. É uma ocasião única para reencontrarem as suas raízes, e Alex, Marty, Melman e Glória descobrem as diferenças entre a sua antiga "selva de betão" e o "continente negro". Mas será que África é um sítio melhor para se viver que a sua querida Nova Iorque? PÚBLICO</p>