Um grupo de cientistas desenvolve em laboratório o guerreiro Pokémon mais forte do mundo, a partir do DNA retirado de um cabelo descoberto na Amazónia. Eles querem que se pareça ao lendário Mew, o mais forte e corajoso Pokémon da história e, por isso, chamam-lhe Mewtwo.
A experiência parece correr bem, mas quando a criatura desperta, os cientistas não a conseguem controlar. Mewtwo destrói tudo e foge jurando vingança.
Um dia, Ash Ketchum, Misty e Brock são convidados para um festa que vai dar o "mais poderoso mestre de Pokémon do mundo", nada mais nada menos que o poderoso Mewtwo...

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