Dois anos depois de ter ajudado a baleia Willy a recuperar a liberdade, Jesse (Jason James Richter) volta a encontrar o animal e amigo durante uma viagem de férias em "Libertem Willy II". Encontra também o seu amigo Randolph (August Schellenberg). Ambos os acontecimentos devolvem ao rapaz a alegria perdida depois de ter tomado conhecimento da morte da sua mãe biológica e da existência de um meio-irmão, Elvis (Francis Capra), que trata com frieza. A dor torna-se ainda mais suave quando Jesse e a neta de Randolph, Nadine (Mary Kate Schellhardt), começam a ficar enamorados um do outro. Mas um acidente com um tanque de óleo coloca em perigo a vida das baleias e de muitos humanos e vai arrastar Jesse e os seus amigos para uma nova aventura.