Liu Kang (Robin Shou), Sonya Blade (Sandra Hess), Rayden (James Remar), Kitana (Talisa Soto) e Johnny Cage (Chris Conrad II) enfrentam o imperador Shao Kahn (Brian Thompson) e o seu pelotão de extermínio encabeçado por Ermac, Motaro (Deron McBee), Sheeva (Marjean Holden) e Rain. Desta vez, o plano de Kahn é unir a Terra e o Outworld num único reino, ressuscitando a mãe de Kitana, a rainha Sindel (Musetta Vander). Depois da morte de Johnny Cage, os guerreiros escapam do templo de Liu Kang. Rayden decide, então, que as regras acabaram, uma vez que Kahn as violou. Para ele, a única forma de derrotarem o imperador é trazendo paz ao espírito de Sindel. Então, Rayden pede a Sonya que procure o seu colega Jax (Lynn Red Williams), enquanto Kitana e Liu Kang partem em busca de "Nightwolf" (Litefoot). Só eles poderão ajudá-los a derrotar Shao Kahn...